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我院王超尘研究员带领本科生在Genome Biology发表《scCDC:单细胞RNA测序污染修正的新方法》

时间:2024-07-23 阅读量:10 来源:浙江大学爱丁堡大学联合学院



单细胞和单核转录组测序(scRNA-Seq/snRNA-Seq)已被普遍用于对细胞异质性的研究。而此类研究强烈依赖于数据的可靠性。然而,在进行单细胞测序的过程中,实验溶液环境中的游离RNA(即ambient RNA)会对被测细胞产生系统性的干扰,导致细胞内源基因的表达水平测定失真,形成数据污染。此问题已被多个研究组关注,且已有若干算法被开发出来修正污染数据。在本研究中,我们使用了多份具有不同干扰水平的实际数据集和模拟数据集,对这些去污染方法的修正效果进行了深入的分析,发现这些方法在多个数据集中存在校正不足或过度校正的问题。

为了更好地解决这一问题,研究团队开发了一种名为scCDC的新策略,有效地消除了环境RNA分子的系统性干扰。和已有的方法相比, scCDC方法的优点在于,它能够率先识别出导致强干扰的基因,并专门修正这些基因的表达水平,从而在修正高污染基因的同时,避免了对其他基因的过度修正。此外,scCDC能够与已有的修正方法共同应用,从而实现更加精确和全面的污染修正效果。



以上研究由浙江大学爱丁堡大学联合学院(ZJE)王超尘研究组和美国加州大学洛杉矶分校Jingyi Jessica Li(李婧翌)研究组合作完成。ZJE王玮健、岑逸辉、鲁泽臻为本论文的共同第一作者。王超尘研究员和李婧翌教授为论文的通讯作者。


论文链接:

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-024-03284-w?utm_medium=organic_social&utm_source=wechat&utm_campaign=CONR_OAJRN_ATT1_AP_CNCM_002EC_bmcpaper




王玮健

ZJE2019BMI学生,浙江省优秀毕业生,曾获得国家奖学金,省政府奖学金,浙江大学一等奖学金,现为加州大学洛杉矶分校生物信息学博士二年级学生



岑逸辉

ZJE2019BMI学生,校级优秀毕业生,曾获得浙江大学三等奖学金,学术优秀标兵,现为加州大学洛杉矶分校生物数学博士二年级学生



鲁泽臻

ZJE2019BMI学生,曾获得浙江大学三等奖学金,学业优秀标兵,现为浙江大学生命科学研究院生物信息学博士二年级学生